Оставаха седем дена, докато вражеските армии от север достигнат царството, а Фараонът бе на път да се предаде, когато брат му, Акунадин, спомена, че е успял да преведе Хилядолетната Магическа Книга, което му позволявало да създаде седем съкровища с невиждана мощ. Легендите вещаели, че който притежава тези съкровища, може да управлява сила, отвъд тази на боговете. Акунадин добави, че ще могат да отблъснат врага, да спасят Египет и да върнат мира в царството... След кратък размисъл, Фараонът проумя, че няма друга възможност. Но не осъзнаваше, че това ще доведе до лоши последствия. Всичко написано в книгата, бе свързано с тъмната алхимия. За да създадът седемте елемента, трябваше да пожертват множество души. Акунадин и останалите свещенници хипнотизираха войската, като им казаха, че ще нападнат село на крадци, с действията си са ядосали боговете. Всички жители от село Коруелна бяха избити, с изключение на едно шест-годишно дете, на име Бакура. Скрит, той гледаше какво се случва на родителите му и беше изплашен до смърт, а именно страха поражда злобата в човек. Той бе лесна мишена за завладяване от мрака. Създаването на седемте хилядолетни елемента, пробуди мрака, в лицето на Зорк Некрофидиус. След като Фараона напусна светът на живите, синът му го наследи. Но разбира се, не наследи единствено властта и богатството му, а наследи и дълговете му. Години по-късно, призован от Бакура, Зорк Некрофидиус нападна Египет. И след като не успя да го победи, с цел да вътвори мир в царството си, Атем, Фараонът, заключи себе си, заедно с тъмните сили, в Хилядолетният Пъзел. След което пъзелът бе разпръснат на малки частици. Минаха три хиляди години, докато бъде подреден отново. През това време, той бе пазен в гробницата на Фараона. Когато малкият Юги нареди Хилядолетния Пъзел, той отключи душата на Фараона, но също така, отключи и злите тъмни сили - Зорк. Понеже Фараона не помнеше нищо от дните на своето царуване, дори и името си, той сподели името на момчето, което бе отключило душата му - Юги. Понякога го наричаха и Ями Юги. В същото време, момче на име Рио Бакура, получи подарък от баща си, златно съкровище - именно Хилядолетният Пръстен. Там бе съхранена душата на крадецът Бакура през всички тези години. И така, войната продължи... Известно време по-късно, Бакура предизвика Фараона в последната, решаваща битка - тъмната ролева игра, в която двамата играча, залагайки живота си, пренаписват миналото. Играта се провеждаше в тайна стая в музеят в Домино. Хилядолетният Пъзел стоеше закачен в средата на стаята, освобождавайки душите на древните герои, запазени в него. Също така, герои можеха да бъдат освободени, или по друг начин казано, призовани, чрез карти. В началото, събитията се развиваха, също както преди три хиляди години в Египет, но след това, нещата започнаха да се променят. Всъщност, светът на спомените на фараона е една игра, в която всички са "кукли на конци".

• Двамата играчи трябва да изберът своите герои за в играта. Ями Юги избира Фараона, а Бакура избира крадеца Бакура.
  
  
• Всеки тегли по една карта, която в началото е празна, след което от паметта им, на нея се появява герой. Изигравайки картата, те освобождават душата на героя - в играта.
  
  

• Всяка карта има лента, която показва Ба на героят. Това е неговата сила. Нещо като жизнени точки. Това означава, че играчите нямат жизнени точки. Техните жизнени точки са на героите, които са призовани в играта.

  
  
• Всеки от играчите може да призове, колкото поиска карти-герои. Ями Юги призовава: Фараона Атем, жрецът Сето, Акунадин, Айшизу, Карим, Шада и Махадо, а Бакура - крадецът Бакура, Зорк Некрофидиус и тъмният жрец Акунадин. Също така, седемте хилядолетни елементи са магически карти.
  
  
  
• Докато картата-герои има Ба, тя може да призовава Ка(чудовище). Ако лентата, показваща силата на чудовището, се изпразни, то трябва да бъде пратено в гробището. За пример: Фараона призовава своето Ка - Тъмният Магьосник и трите бога, докато Бакура призовава Ка - Диабаунд.
  
  
• Специалните ефекти на картите-чудовища се активират отделно, с магическа карта. За пример: Бакура трябва да активира трите карти с Пясъчните Часовници, за да активира трите специални ефекта на Зорк Некрофидиус.
  
  

• Фараона и шестте жреца трябва да пазят хилядолетните елементи. Ако всичките елементи се съберът заедно от Бакура, Зорк Некрофидиус може да бъде специално призован. Освен това карта-герои, може да придобие тъмна сила, и нейното Ба може да бъде увеличено.
  
  
• Създателят на Светлината - Хоракти може да бъде специално призован, единствено, когато се активира картата с името на Фараона, докато Осирис, Обелиск и Ра са на полето.
  
  

Фараон Атем
Изображение	Име
	Тъмният Магьостник
	Обелиск Мъчителя
	Осирис Небесният Дракон
	Крилатият Дракон на Ра

Шимон Муран
Изображение	Име
	Забраненият Екзодия
	Левият крак на Забранения
	Десният Крак на Забранения
	Лявата ръка на Забранения
	Дясната Ръка на Забранения

Жрец Сето
Изображение	Име
	Кентавър
	Минотавър
	Минокентавър
	Диос Дракон
	Гарестголат
	Диос

Жрец Шада
Изображение	Име
	Двуглав Войн - Чакал
	Зелуа

Жрец Карим
Изображение	Име
	Бастет
	Проклятието на Дракона
	Диос Дракон
	Хелимай

Жрица Айшизу
Изображение	Име
	Мистичният Елф
	Супириа

Жрец Акунадин
Изображение	Име
	Гардиус

Жрец Махадо
Изображение	Име
	Илюзионният Магьосник
	Тъмният Таласъм

Крадецът Бакура
Изображение	Име
	Зорк Некрофидиус
	Диабаунд
	Летящо Око
	Костенурка-череп
	Крилатият Сокол

Мана
Изображение	Име
	Тъмната Магьосница

Кисара
Изображение	Име
	Белият Дракон